制藥廠的工藝流程設計是一項非常復雜而細致的工作，除極少數非常簡單又比較成熟的工藝流程外，都要經過由淺入深、由定性到定量、反復推敲和不斷完善的過程。一般地，工藝流程設計可按以下基本程序進行。
一、工藝路線的選擇
當一種產品存在若干種不同的工藝路線時，應從工業化實施的可行性、可靠性和先進性的角度，對各工藝路線進行全面細致的分析和研究，并確定一條最優的工藝路線，作為工藝流程設計的依據。
在選擇工藝路線時，應特別注意工藝路線中所涉及的關鍵設備和特殊工藝條件或參數。一些工藝路線常常因為解決不了工業化時的關鍵設備或難以滿足所需的操作條件或參數，而不能實現工業化。
二、確定工藝流程的組成和順序
根據選定的工藝路線，確定工藝流程的組成，包括全部單元反應和單元操作，并明確各單元反應和單元操作的主要設備、操作條件和基本操作參數（如溫度、壓力、濃度等）。在此基礎上，確定各設備之間的連接順序以及載能介質的技術規格和流向。
三、繪制工藝流程框圖
當工藝路線及工藝流程的組成和順序確定之后，可用方框、圓框、文字和箭頭等形式定性表示出由原料變成產品的路線和順序，繪制出工藝流程框圖。
四、繪制工藝流程示意圖
在工藝流程框圖的基礎上，分析各過程的主要工藝設備，在此基礎上，以圖例、箭頭和必要的文字說明定性表示出由原料變成產品的路線和順序，繪制出工藝流程示意圖。
五、繪制物料流程圖
當工藝流程示意圖確定之后，即可進行物料衡算和能量衡算。在此基礎上，可繪制出物料流程圖。此時，設計已由定性轉入定量。
六、繪制初步設計階段帶控制點的工藝流程圖
當物料流程圖確定之后，即可進行設備、管道的工藝計算以及儀表自控設計。在此基礎上，可繪制出初步設計階段帶控制點的工藝流程圖，并列出設備一覽表。
七、繪制施工階段帶控制點的工藝流程圖
初步設計階段的工藝流程設計經審查批準后，按照初步設計的審查意見，對工藝流程圖中所選用的設備、管道、閥門、儀表等作必要的修改、完善和進一步的說明。在此基礎上，可繪制出施工階段帶控制點的工藝流程圖。
當然，上述設計程序不是一成不變的。根據工程項目的難易程度和設計人員的技術水平，工藝流程的設計程序會有所不同。例如，對一些難度不大、技術又非常成熟的小型工程項目，經驗豐富的設計人員甚至可以直接設計出施工階段帶控制點的工藝流程圖。