對于藥廠設計來說，實驗動物房的空調凈化系統要解決的兩個主要問題是:
防止交叉感染和臭氣的擴散。為維持潔凈室室內空氣的新鮮和清潔，需要向實驗動物房送入大量的空氣。維持室內潔凈度主要是對室內空氣中的微生物進行控制維持；室內空氣的新鮮主要是去除臭味。實驗動物設施的污染源，除微生物外，還有氨、硫化物等發臭物質。惡臭的來源除動物排泄物本身外，還有因微生物作用引起二次變化的揮發物。一般說，動物的潔凈等級越低，動物房的臭氣濃度越大。動物的臭氣對同類動物影響不大，但會使其他動物感覺不適，而且，對正常的實驗和飼養工作有一定影響。因此，動物房應盡可能保持空氣新鮮，一般要求氨濃度在14mg/m3以下。
我國《實驗動物環境及設施》中要求:在藥廠設計中，當實驗動物設施采用亞屏障系統、屏障系統和隔離系統時，室內換氣次數為10～20次/h。美國實驗動物房主要的參考標準ILAR指南和 ASHRAE手冊推薦的動物房換氣次數為10～15次/h。這一推薦值主要是基于對室內氣味的控制要求，一般都超過維持室內熱、濕平衡和空氣質量中的其他參數所需的空氣量。實驗動物房室內得熱量的一個重要因素是動物的發熱量。動物的發熱量與籠具的大小（即引起動物運動量變化的因素）、活動狀況（包括進食運動睡眠等狀態）和動物大小（同種動物因體重不同而引起的差異）有關所以，實驗動物的發熱量，如果作為設計參數提出是相當困難的。實驗動物房的換氣量除維持室內熱濕平衡外，還需要滿足維持室內氣壓、氣流分布及空氣質量的要求。通常依據室內氣味控制要求確定的換氣次數，一般都能滿足其他空氣參數對換氣量的要求。
實驗動物房的臭氣也是腐蝕空調設備和建筑設施的主要因素。在藥廠設計中為防止發臭物質的蓄積，實驗動物房的空調凈化系統一般采用全新風方式。采用全新風方式也有利于防止交叉傳感。即使采用回風（這種方式在實驗動物房的空調凈化系統中慎用），回風必須經過凈化處理，清除其中的微生物和臭氣，而且，新風量應占總風量的50％以上，以大于總風量的2/3為好。
由于實驗動物房的空氣處理系統一般采用全新風方式。因此對于藥廠設計來說，原則上空氣處理系統應設置熱回收設備，同時，安裝脫臭裝置，阻擋臭氣倒流，防止臭氣腐蝕空調系統。但由于實驗動物房排風污染較嚴重，熱回收設備的價格有較貴，并占一定空間，所以，在實際工程中很少對能量進行回收。