在藥廠設計中，為了維持實驗動物房各區域（房間）的潔凈度要求，防止空氣由潔凈度低的區域或房間流向潔凈度高的區域或房間，必須認真研究人流和物流方向及各潔凈區之間的合理壓差。通常，不同潔凈級別的區域之間應保持10～20Pa的壓差。利用壓差設計也能控制臭氣的流向，防止臭氣從動物房向外擴散。下面華盛興邦就談下在藥廠設計中，實驗動物房的壓差設計。
當采用雙走廊式平面布置時，壓差設計應為:潔凈走廊的正壓值最高，飼養室、污染走廊的正壓值依次降低。當飼養設施采用屏障系統時，由于潔凈走廊的污染可能性略高于飼養室，所以，飼養室的正壓取最高，潔凈走廊次之，污染走廊為負壓；當飼養設施采用亞屏障系統時，如飼養無特殊病原體動物時，應提高飼養室的正壓程度，使其高于潔凈走廊的正壓，如飼養普通動物時，飼養室的正壓應低于潔凈走廊；當飼養設施采用開放系統時，為了防止交叉感染和氣的擴散飼養室應取負壓，污染走廊取更大的負壓。
在藥廠設計中，感染實驗室、猴類檢疫室等多采用屏障系統。為了防止危險因素向室外擴散，即所謂保證“生物安全”，這類房間必須設計成負壓。對于無特殊病原體動物的高精度感染實驗設施，在保證生物安全的同時，還要防止來自外部的感染。
在藥廠設計中，壓差設計不應忽略輔助房間。如進入潔凈區前的人、物凈化區域等。空氣的壓差設計是一個比較復雜的問題，需要根據具體情況分別對待。壓差控制宜在形成壓差的區域里設置壓差調節器，通過壓差調節器，把控制信號傳遞到各區域的排氣系統的風量調節閥上。通過監測壓差，還可以直觀地監測送風量的變化，從而可估計過濾器的積塵阻力變化及效率狀況以至房間潔凈度的變化。