高效過濾器泄漏的測試是凈化車間測試中最復雜、最耗時間的項目。泄漏測試的目的是要確認濾網的材料是否破損，安裝是否恰當。過濾器出廠前已經進行過泄漏測試，但是在搬運與安裝過程中難保完全無損，而且濾網的重要性又大于一切，因此，安裝完畢都要做一次掃描，以確認濾材無任何泄漏。另外，若是安裝不恰當，微粒會從邊框漏進高效過濾器風口。就算是FFU系統，因天花板上是負壓，若是邊框有泄漏，日后仍舊會產生問題。因此，邊框掃描同樣重要。
高效過濾器泄漏測試本質上是把挑戰微粒釋放在高效過濾器管道上游，然后在高效過濾器表面與邊框用激光粒子計數器或光度計探測有無泄漏。泄漏測試有幾種不同的方式，適用在不同的場合。測試方法主要有三種:氣溶膠光度計測試法、微粒計數器測試法、全效率測試法。
一、氣溶膠光度計測試法
氣溶膠光度計測試法是最早期的測試方式，因為效果非常好，到今天仍舊沿用。氣溶膠光度計是微粒計數器的一種，也是使用激光技術，但是，它在掃描空氣樣本的微粒之后，所給的是微粒的總體強度而不是微粒數目。DOP是一種油性化學物質，加壓或加熱霧化之后，可以產生次微米等級的微粒，用來仿真凈化車間的微粒，因此被當成驗證微粒。這里“泄漏”的定義是泄漏出上游濃度的萬分之一，由于光度計可以直接顯示上下游微粒濃度的比值，因此，掃描高效過濾器使用非常方便。也正因其準確度高、可靠，美國FDA規定，在其管轄范圍內（食品加工場所與醫療制藥場所），所有的高效過濾器泄漏測試必須使用DOP與氣溶膠光度計。近年來，由于人們懷疑DOP會導致癌癥，因此多改用PAO。PAO和DOP的特性類似，使用上無多大差異。
二、激光粒子計數器測試法
半導體業早期也是使用DOP/PAO與光度計，但是，隨著制造精密度提高，油性挑戰微粒逐漸不容許在凈化車間里使用，因此開始以干式灰塵為挑戰微粒，在上游釋放，然后用微粒計數器在下游掃描，尋找泄漏，基本概念完全相同。經進一步研究，發現PSL微粒的粒徑與濃度可以控制，因此成為目前最廣為使用的標準微粒。使用時只要把PSL溶液霧化，導入高效過濾器上游即可。
三、全效率測試法
在某些場所，如袋進袋出高效過濾器系統，或是高效過濾器位于風管中段（醫院空調常用），上游可施放微粒但下游無法掃描，就必須使用全效率測試法。全效率測試法是因其對下游無法掃描，僅能抽取一些空氣樣本做分析比較，若是下游微粒含量超過某定值，則判定為泄漏，要更換整片高效過濾器。這種測試方法的準確度并不高，因此泄漏的定義值一般要取低一些，以提高準確度，例如，認定上游的0.005％或0.001％為泄漏。盡管如此，其準確度經常受到質疑，因此應盡量避免。以袋進袋出高效過濾器系統而言，高效過濾器安裝后根本不能掃描，最好的方式是安裝前先進行全面積掃描，確認無破損后，小心安裝，安裝后再做全效率測試，就可減少爭議，至少可以厘清制造商的責任。