清洗過程中加入殺菌劑可大幅度提高清洗效率。為了保持果蔬清洗后仍具有良好的價值及避免殺菌劑成分的殘留或與其他有機物反應生成有害的副產物引起果蔬清洗所帶來的“二次污染”，因此，選擇果蔬清洗殺菌劑必須考慮以下因素。
（1）對主要病原菌（細菌、真菌、酵母菌）具有殺菌作用 常見的病原菌如李斯特菌、金黃色葡萄球菌及大腸桿菌等，果蔬清洗殺菌劑應對其具有殺菌作用。
（2）安全性高 許多具有很強殺菌力的殺菌劑（如季銨鹽等）并不適用于果蔬清洗，容易造成食品“二次污染”，如致癌問題等，因此不得用于果蔬清洗。
（3）不與食品中化學成分發生反應 由于果蔬原料富含各種有機物，因此所選殺菌劑不能與有機物反應而失效，造成無法達到有效的清洗消毒的目的。
（4）無有害物質殘留 選用的除了要方便使用外，最重要的是要方便去除，不能殘留或有些殺菌劑會與有機物生成鹵化物形式的有害物質殘留，產生食品安全問題。
（5）不能影響產品原有的品質 所選的殺菌劑除了能有效降低微生物危害外，不得使產品的組織、色澤及風味產生變化，影響產品原有的品質。