用于藥廠凈化車間的裝修材料要求能滿足耐清洗、無孔隙裂縫、表面平整光滑，不得有顆粒性物質脫落。對選用的材料除了要看該材料能否全面滿足GMP要求以外，還要考慮該材料的使用壽命、施工簡便與否、價格、來源、當地施工技術水平等因素。在選材時應考慮經濟因素，但不等于可以降低標準。
1.地面
地面應平整、無縫隙、耐磨、耐腐蝕、耐水、耐沖擊、不積聚靜電、易除塵清洗。目前多采用環氧自流坪、環氧磨石地面，具有表面平整光滑、耐磨、清掃方便的優點。
2.墻壁和頂棚
表面應光潔、平整、不起灰、不落塵、耐腐蝕、耐水、易清洗、防霉。應減少凹凸面。墻角應有≥50mm的弧度。
潔凈區內宜采用輕質墻體。目前多采用彩色夾心復合鋼板（彩鋼板），以聚苯乙烯或聚氨酯發泡板作芯板，以彩色熱鍍鋅板為面層的輕質墻體。對有防火要求的廠房，芯板需采用不燃燒材料，如彩鋼板用巖棉、玻璃棉或輕鋼龍骨石膏板做芯板等。
凈化車間的天棚有兩種做法:一種是鋼筋混凝土天棚，另一種是懸吊式輕型天棚，如輕鋼龍骨吊頂等。鋼筋混凝土天棚整體性強，可承受一定荷載，但施工麻煩，無法適應凈化車間的變更。輕鋼龍骨吊頂施工較易，變更風口靈活性大，但不能承受荷載，不便檢修等。前者飾面可采用乳膠漆等涂料，后者吊頂可采用彩鋼板、貼塑板、不銹鋼板、直面石膏板等。
3.門窗
門窗造型要簡單，不易積塵，清掃方便。門窗與內墻面宜平整，不留窗臺。如有窗臺時宜成斜角，或靠凈化車間側平。不同潔凈度房間之間的門窗需考慮密封。門框不得設門。凈化車間不應使用木制品。
門窗材料宜用金屬或金屬涂塑制品，門常用的有鋁合金門、鋼板門、塑鋼門等，窗常用鋁合金窗和塑鋼窗等。