潔凈手術室是控制醫院內感染發生的重要部門。導致院內感染的感染源除來源于機體自身，如術前皮膚清潔不當引起自身感染外，還來自外界，如直接接觸未經消毒的器具，污染表面或與患者接觸的工作人員所產生液滴的擴散。空氣中的液滴和灰塵將微生物粒子傳播到手術切口等。防止感染發生需有綜合性保障措施，最大限度地消除或避免由各種途徑帶人的病源微生物，其中空氣凈化措施是消滅隱患，建立良好環境的重要手段。
一、潔凈手術室在使用中出現的問題
1、工作人員常會感到氣悶，故將潔凈手術室的門打開，使原室內的無菌狀態變為有菌，其原因如下:（1）習慣使然，特別在南方，人們習慣于在開窗的環境下生活或工作:（2）新風量的取值應比一般空調高出203/（h·人），即60m3/（h·人）；（3）與室內氣流組織有關，上送上回的氣流不易到達人們活動區域、如果余壓閥配置不合適，室內超正壓、新風也不易進入；（4）有些操作者為保證潔凈度，關小甚至關閉新風閥。這些問題主要是設計不合理所致，如果在建造潔凈手術室時，嚴格按照衛生部《潔凈手術部建設標準》和GBJ73-84《潔凈廠房設計規范》設計新風量，并嚴格按操作規程運行，這些問題是可以避免的；如果手術室已建成，則可請有關專家“會診”，提出補救措施，使此問題得以解決。
2、手術室內、外的溫、濕度標準是不同的，這是手術室工作人員易忽視的問題，手術室的溫、濕度主要考慮手術切口的感染率和愈合率，手術時醫護人員高度緊張，工作強度大，當溫度降至25℃以下，才能有效降低醫護人員的帶菌量，因此，上限溫度設定在25℃、在冬季為減少患者身體外露部分的熱損失，最低溫度設定在21℃，尤其是進行大手術時，必須保持在21℃以上，否則裸露的皮膚熱損失很大，加上皮膚上消毒劑的蒸發會吸收大量的熱，易使患者發生低溫機能性障礙。
輔助用房則需考慮人的舒適性，溫度上下限為21～27℃，也應考慮手術室的特殊性，相對濕度不宜太高，否則醫護人員會感到氣悶，皮膚發濕，帶菌量增加另外，相對濕度＞65％時，也易使細菌繁殖，器械銹蝕。但濕度過低，手術切口的水分散發過快，不易愈合，靜電不易消除；甚至可引起麻醉氣體爆炸，因此，相對濕度應定在40％~60％，其他輔助用房放寬到30％~65％。
二、潔凈手術室內細菌濃度增高的問題
1、懸浮菌對手術切口的影響 發生在空氣處理系統被污染、其他正在運行的空氣處理系統出現故障、以及高風險的特殊手術過程，如器官移植。低濃度的懸浮菌對降低術后感染率有顯著作用，一點感染就可能導致手術失敗。
2、造成手術室內細菌濃度增高的相關因素 有手術形式，手術人數，手術人員衛生防護措施，手術人員衛生素質，手術強度室內衛生狀況，送風系統，送風量等，對現代手術室無菌控制來講后兩項是最主要的影響因素，過濾器的嚴重漏泄也可使細菌濃度增高。
3、對策 嚴格執行潔凈手術室的工作制度，每天用1％氯已定擦洗全室，保持物體表面的清潔，進入潔凈手術室的人員均需先更衣，將進入手術室的人員控制在最低限度，定期檢查送風系統及過濾器，確保其完好，定期檢測，有記錄。
三、室內噪聲大
1、手術室內噪聲來源 送風系統換氣次數，監護儀，高頻電刀，中心吸引裝置等，室內噪聲大不僅影響工作人員的效率，而且影響手術的進行。潔凈手術室是一個多功能的綜合整體降低噪聲也是一個重要的指標、只有把噪聲控制在標準內，才是合格的潔凈手術室。
2、對策 要求建筑時按照《民用建筑隔聲設計規范》中的規定執行醫院手術室允許噪聲級為45～50dB（A），對于已建好的手術室，選擇合適的風速及消聲裝置是控制噪聲的關鍵。