廠址的選擇是指在一定的范圍內，選定和確定擬建項目建設的地點和區域，并在該區域內具體地選定項目建設的坐落位置。
藥廠廠址選擇是基本建設的一個重要環節，選擇的好壞對工程的進度、投資數量、產品質量、經濟效益以及環境保護等方面具有重大影響。
廠址的選擇在工作階段上屬于可行性研究的一部分。不管是什么類型的藥廠，在選擇廠址時應考慮周全，更應嚴格執行國家的有關規定、規范。廠址選擇是一項政策、經濟、技術性很強的綜合性工作，必須結合建廠的實際情況及建廠條件，進行調查、比較、分析、論證，最終確定理想的廠址。在有條件的情況下，在編制項目建議書階段就可以開始選址工作，選址報告也可以先于可行性報告提出。
一般藥廠廠址選擇應遵循以下基本原則:
（1）一般有潔凈廠房的藥廠，廠址宜選在大氣含塵、含菌濃度低，無有害氣體，周圍環境較潔凈或綠化較好的地區。
（2）有潔凈廠房的藥廠廠房應遠離鐵路、碼頭、機場、交通要道以及散發大量粉塵和有害氣體的工廠、儲倉、堆場等空氣嚴重污染、水質污染、振動或噪聲干擾的區域。如不能遠離嚴重空氣污染區時，則應位于全年最大頻率風向上風側（或全年最小頻率風向下風側）
（3）要求交通便利、通信方便。制藥廠的物流量比較大，為了減少運輸費用，應建在交通發達地區，提供便捷運輸條件，并有消防車通道。
（4）確保水、電、氣的供給。水、電、氣是制藥廠生產的必須條件，充足和良好的水源對藥廠很重要。同時方便的、能夠滿足生產負荷的能源供應，是保證生產順利進行、降低生產成本、提高經濟效益的保證。
（5）應有長遠發展的余地，珍惜土地。藥廠建設必須符合在建城市或地區的近、遠期規劃，節約用地，廠區的面積、形狀和其他條件既要滿足生產工藝合理布局的要求，又要留有一定的發展余地。
（6）要充分考慮環境保護和綜合利用。選址時要對藥廠投產后對環境可能造成的影響做出預評價，并得到當地環保部門的認可。選擇的廠址應便于妥善處理“三廢”和治理噪聲等。
（7）選址時應綜合考慮氣象、水文、地質、地形等自然條件對藥廠項目建設投資和投產后的正常運營的影響
（8）協作條件。選擇在儲運、機修、公用工程電力、蒸汽、給排水、交通、通信）和生活設施等具有良好協作條件的地區。
（9）不適宜建廠的地區:有開采價值的礦藏地區國家規定的歷史文物、生物保護和風景游覽區，地基允許承受力（地耐力）在0.1MPa以下的地區，對電臺、機場的使用有影響的地區。