制藥工程是應用生化反應或化學合成、各種分離單元操作以及藥物制劑技術，實現藥物工業化生產的工程技術，包括:生物制藥、化學制藥、中藥制藥。制藥工程設計包括:化學原料藥、生物藥、中成藥、藥物制劑、藥用包裝材料等項目的工藝設計，其工藝設計類型包括:合成制藥工藝、生物制藥工藝、中成藥工藝、制劑工藝設計。
制藥工程設計的具體工作是設計一個新的制藥廠，包括生產與輔助設施，或對已有的工廠進行擴建、改建。工程設計一般包括總體設計和局部設計。凡是設計范圍涉及整個工廠的稱總體設計。如某抗生素廠的總體設計有總平面、工藝、公用工程、土建等設計以及有關可行性研究、廠址選擇、經濟概算等。凡是設計的范圍不涉及整個工廠的全部內容，而只涉及其中的一部分的，稱局部設計。
車間工藝設計是制藥廠工程設計的主導設計，藥廠的基本建設項目和技術改造項目都涉及車間工藝設計問題，是一項綜合性很強的工作，是由工藝設計和非工藝設計（包括土建、設備、安裝、采暖通風、電氣、給排水、動力、自控、概預算、經濟分析等）所組成。其中工藝設計是主導設計，它起著貫穿全過程并且組織協調各專業設計的作用，但僅有工藝設計是不可能完成制藥廠全部工程設計工作的。
生物制藥生產車間工藝設計不僅要具備一般藥廠設計知識，如生產工藝流程設計、工藝設備布置設計、管道設計理論、制藥過程與原理、藥物制劑生產工藝、藥品生產質量管理規范、化學工程、藥物分離與純化技術等，還要具有生物制藥工藝設計的專門知識，如發酵工程、生化工程、基因工程、酶工程、細胞工程、蛋白質工程、抗體工程和生物催化反應器等，努力做到設計上規范、技術上先進、經濟上合理。
作為醫藥企業從事工藝生產的技術人員需要了解設計程序和標準規范，并具有豐富的社會實踐和專業知識，才能提供必要的設計條件和設計基礎資料，協同設計單位完成符合標準規范要求并滿足藥品生產要求的設計工作。