下面筆者談下藥廠車間設計之安全設計的基本要求。生物制藥工廠使用的原料、溶劑和生產過程中產生的中間體和成品，很多都具有易燃、易爆、有毒、有害的特性，生產系統極易引起火災、爆炸或中毒，并且一旦發生火災、爆炸等事故，其災害的范圍很大，損失極其嚴重。所以，生物制藥工廠生產系統是非本質安全的。但是，藥廠設計人員仍然可以將“安全”設計進去，使之本質安全化。
同時，綠色工藝，合理處理“三廢”，保護生態環境，是藥廠設計不可忽視的一個方面，這也是現代生物制藥工廠的一個基本特征。只有對環境友好，生物制藥工廠才能得到可持續發展。
一、藥廠設計之工藝的安全性
工藝的安全性包括:①在設計條件下能夠安全運轉；②偏離設計條件時也能安全處理并恢復到原來的生產條件；③確立安全的快速啟動或停車辦法。
二、藥廠設計之防止運轉中的事故
生產過程中應盡力防止由運轉中所產生的事故而引起的次生災害。如廢物的處理、混入雜質、誤操作、停止供給動力等。
三、藥廠設計之防止擴大受災范圍
為防止災害擴大，把災害限制在一定范圍內，首先要控制危險物，盡可能減少生產車間內易燃易爆、有毒有害原料的存放量，工藝裝置內不宜大量儲存各種危險物料。其次還要在工藝布置、建筑結構、防火分割、安全阻火裝置和廠房防爆等方面采取相應的安全措施。如隔離、露天布置，設置阻火器、安全水封、阻火閥門，建筑物采用一級或二級耐火等級，設置防火墻、防火門、防爆墻、用于泄壓的輕質屋頂和輕質墻、安全距離、疏散出口。