下面筆者就談下藥廠設計裝修之藥廠的空調系統。生物制藥生產廠房空氣調節方式有兩種:舒適性空調和凈化空調。前者主要是為了滿足人體的舒適感而設置的空氣調節系統，可根據《采暖通風與空氣調節設計規范》的要求確定室內溫度；后者是根據《藥品生產質量管理規范》的要求，為防止塵埃粒子和微生物對藥品生產造成污染而設置的，除生產工藝有特殊要求外，一般溫度為18～26℃，相對濕度為45％～65％。
一、藥廠設計之凈化空調系統
對于藥廠設計來說，凈化空調系統可以分為三種形式：集中式、半集中式、分散式。生物制藥生產潔凈廠房主要采用集中式凈化空調系統。室外新鮮空氣（或稱新風）經粗效過濾器過濾后與潔凈室回風混合，經空調機處理溫度、濕度，再通過中效過濾器和高效過濾器過濾，進入潔凈室內。當室內不產生有害物質時一般盡量利用回風以節省能源和投資。當室內不散發大量余熱時，可不再經過空調機而由循環風機直接送去同空調機處理過的空氣混合，進入中效過濾器。
系統中前兩級過濾器一般多設在機房。粗效過濾器一般設在新風口處，中效過濾器應設在循環風機之后，以保證中效過濾器以后風管內空氣處于正壓狀態，防止管外灰塵從該段風管縫隙處侵入管內。高效過濾器一般設在潔凈室的送風口處，以避免經過高效過濾器后的空氣再被管道污染。
排風口的目的是排出潔凈室內的一部分空氣，以保證補入一定量的新鮮空氣。為了阻止凈化空調系統停止運行時，室外空氣倒灌到潔凈室內，常常要求在排風口上設置止回閥、密閉閥、阻尼層及水浴密封池。
二、藥廠設計之潔凈室的形式
為了特定目的而在室內造成一定的空氣流動狀態與分布，通常叫做氣流組織。潔凈室內的氣流組織形式可分為單向流和非單向流兩種。單向流按其氣流方向又可分為垂直單向流和水平單向流。非單向流按氣流組織方式可以分為頂送與側送。非單向流潔凈室具有投資省、運行費低、改建擴建容易等優點，所以在生物制藥廠設計中得到了廣泛應用。常見的送回風方式有:側送側回、頂送側回、頂送頂回等多種形式。