潔凈室的壓力控制是維持整個潔凈手術部空氣的壓力梯度，保證空氣從高潔凈度區域向低潔凈度區域有序滲透的關鍵。這種空氣在潔凈手術部內部的有序滲透過于確保各潔凈場所的潔凈度來講是必不可缺的重要環節。
整個潔凈手術部的壓力控制是由自動控制系統對室內送風量、回風量和排風量的監控及調節完成的。當高潔凈度房間的送風量大于排風量和回風量之和時室內呈正壓，高潔凈度房間室內空氣會經過房間門縫等縫隙向低潔凈度區域滲透，這樣可以抵御低潔凈度區域空氣中的菌塵粒子侵入，這是正常的運行工況。如果高潔凈度房間與低潔凈區域之前的壓差由于某種原因降低，此時抵御菌塵粒子侵入的能力也隨之降低甚至消失。若二者之間產生了負壓差則會造成菌塵粒子的滲入，這是絕對不允許出現的惡劣工況。此時控制系統會發生聲光報警，必須緊急調速送風量、回風量、排風量三者之間的關系，直至恢復所需的壓差。
對于運行管理人員來說， 應當隨時認真觀察整個潔凈手術部各房間的室內壓力梯度狀態,對不正常的壓力狀態應該及時找出原因予以調整。