一、潔凈廠房廠址選擇
（1）醫藥工業潔凈廠房位置選擇，應根據下列原則經技術經濟方案比較后確定：
1、?應在大氣含塵、含菌濃度低，無有害氣體，自然環境好的區域；
2、?應遠離鐵路、碼頭、機場、交通要道以及散發大量粉塵和有害氣體的工廠、貯倉、堆場等嚴重空氣污染，水質污染，振動或噪聲干擾的區域。如不能遠離嚴重空氣污染區時，則應位于其最大頻率風向上風側，或全年最小頻率風向下風側。
（2）醫藥工業潔凈廠房與市政交通干道之間距離不宜小于 50m.
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二、潔凈廠房總平面布置
（1）總平面布置除遵循國家有關工業企業總體設計原則外，還應符合有利于環境凈化，避免交叉污染等要求。
（2）廠區按行政、生產、輔助和生活等劃區布局。
（3）生產廠房應布置在廠區內環境清潔，人流貨流不穿越或少穿越的地方，并應考慮產品工藝特點和防止生產時的交叉污染，合理布局，間距恰當。
三廢的處理，鍋爐房等有嚴重污染的區域應置于廠的最大頻率下風側。
兼有原料藥和制劑的藥廠，原料藥生產區應轉正于制劑生產區的下風側。
青霉素類生產廠方的設置應考慮防止與其他產品的交叉污染。
（4）危險品庫應設于廠區安全位置，并有防凍、降溫、消防措施。麻醉藥品和劇毒藥品應設專用倉庫，并有防盜措施。
（5）動物房的設置應符合國家醫藥管理局《實驗動物管理辦法》有關規定，并有專用的排污和空調設施。
（6）廠區主要道路應貫徹人流與貨流分流的原則。
潔凈廠房周圍道路面層應選用整體性好，發塵少的材料。
（7）醫藥工業潔凈廠房周圍宜設置環形消防車道（可利用交通道路），如有困難時，可沿廠房的兩個長邊設置消防車道。
（8）醫藥工業潔凈廠房周圍應綠化。可輔植草坪或種植對大氣含塵、含菌濃度不產生有害影響的樹木，但不宜種花。盡量養活廠區內露土面積。
（9）醫藥工業潔凈廠房周圍不宜設置排水明溝。