一、按用途分類
（1）工業潔凈室——以無生命微粒的控制為對象。主要控制無生命微粒對工作對象的污染，其內部一般保持正壓。它適用于精密工業（精密軸承等）、電子工業（集成電路等）宇航工業（高可靠性）、化學工業（高純度原子能工業（高純度、高精度、防污染）、印刷工業（制版、油墨、防污染）和照相工業（膠片制版）等部門。
（2）生物潔凈室——以有生命微粒的控制為對象，又可分為:
①一般生物潔凈室，主要控制有生命微粒對工作對象的污染。同時其內部材料要能經受各種滅菌劑侵蝕，內部一般保持正壓。實質上這是一種結構和材料允許作滅菌處理的工業潔凈室，可用于食品工業（防止變質、生霉）、制藥工業（高純度、無菌制劑）、醫療設施（手術室、各種制劑室、調劑室）動物實驗設施（無菌動物飼育）和研究實驗設施（理化、潔凈實驗室）等部門。
②生物學安全潔凈室，主要控制工作對象的有生命微粒對外界和人的污染，內部保持負壓，用于研究實驗設施（細菌學生物學潔凈實驗室）和生物工程（重組基因、疫苗制備）。
根據上述分類可以清楚地看出，工業潔凈室和生物潔凈室都要應用清除空氣中微粒的原理，因此本質上它們是一樣的。略微不同的是，對子附著子表面上的微粒，工業潔凈室一般用擦凈的辦法就可以大大減少表面上的微粒數量，而生物潔凈室因為是針對有生命微粒，而一般的擦洗可能給有生命微粒帶來水分和營養，反而能促進其繁殖，增長其數量。因此，對生物潔凈室來說，必須用表面消毒的辦法（用消毒液擦拭）來取代一般的擦拭認識這一點不同，就知道對于藥廠的生物潔凈室來說，在日常管理措施上不致于認為有了潔凈室就萬事大吉了。
二、按氣流流型分類
氣流流型就是氣流軌跡的形式。按此可作以下分類:
（1）單向流潔凈室
在整個潔凈室工作區（一般定義為距地1.5～07m的空間）的橫截面上通過的氣流為單向流。
單向流，就是流向單一、速度均勻、沒有渦流的氣流流動。過去也曾稱為層流。
（2）非單向流潔凈室（也稱亂流潔凈室）
在整個潔凈室工作區的橫截面上通過的氣流為非單向流。
非單向流（亂流），就是方向多變、速度不均、有渦流的氣流流動，習慣稱亂流。
（3）輻流潔凈室
在整個潔凈室的縱斷面上通過的氣流為輻流。
輻流，就是風口出流為輻射狀不交叉的氣流流動。輻流也被稱為矢流、徑流
4）混合流潔凈室
在整個潔凈室內既有亂流又有單向流。
混合流，就是同時獨立存在亂流和單向流兩種不應互擾的氣流流動的總稱
混合流不是一種獨立的氣流流型。