酸牛奶、無菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的臘腸包裝中經(jīng)常用到無菌處理。一些大型設(shè)施要求100,000級（ISO 8級和9級）以上。
灌裝（酒類、飲料等）
啤酒、果汁和汽水無菌填裝工藝增加了ISO 5級（100級）和ISO 6級（1,000級）潔凈室。
傳統(tǒng)系統(tǒng)中隧道式巴氏消毒法對產(chǎn)品進(jìn)行各種高溫處理，得到的產(chǎn)品在物理特性上發(fā)生變化。相比之下，對受控巴氏消毒法的無菌充裝采用較低熱處理，可在幾方面改進(jìn)產(chǎn)品的質(zhì)量。
在潔凈車間內(nèi)生產(chǎn)的食品，由于其具有較高的潔凈度可以保證食品不被細(xì)菌附著，但不能消除食品本身帶來的細(xì)菌，因此還需要加熱、噴藥、照射等方式滅菌。很多食品潔凈室主要用于滅菌后的冷卻、切斷（片）、包裝等工序。