不同性質的食品，最好不在同一車間內生產，性質相同的食品在同一車間生產時，也要根據使用性質的不同而加以分隔。車間辦公室、車間化驗室、工具間、保全間、空壓機房、真空泵房、空調機房等等，均需與生產工段加以分隔。在生產工段中，原料預處理工段、熱加工工段、儀表控制室、油炸間、殺菌間、包裝間等相互之間均應加以分隔。
食品工廠衛生要求較高，而生產車間的衛生要求更高。在食品生產過程中，有很多生產工段散發出大量的水蒸氣和油蒸氣，從而使車間內溫度、濕度和油氣較高。在原料處理和設備清洗時，排出的大量廢水中含有稀酸、稀堿及油脂等介質。鑒于上述原因，在進行食品工廠設計時有如下要求。
一、門 每個車間至少有兩道以上的門，作為人流、貨流和機器設備的出入口。作為人流出入口的門，其尺寸在正常情況下應能滿足生產要求，在火災或某種緊急狀態下亦應能滿足迅速疏散的要求。故尺寸要求適中，不宜過大，亦不能過小。作為運輸工具及機器設備進出的門，一般要能讓生產車間最大尺寸的機器設備通過。總的來說，生產車間門的數量，必須按生產工藝和車間的實際情況來進行食品工廠設計。
二、對排出大量水蒸氣和油蒸氣的車間，應特別注意排汽問題。一般對產生水蒸氣或油氣的設備需進行機械通風，可在設備附近或設備上部的屋頂開孔，用軸流風機在屋頂上直接進行排汽。食品工廠生產車間，對于局部排出大量蒸汽的設備，在平面布置時，應盡量布置在當地夏季主導風向的下風向，同時，將頂棚做成傾斜式，頂板可用鋁合金板，這樣，可使大量蒸汽排至室外。
三、食品工廠生產車間最好有空調裝置在沒有空調的情況下，門窗應設紗門紗窗。在我國南方地區，除設紗門紗窗外，其車間的層高一般不宜低于6m，以確保有較好的通風。密閉車間應有機械送風，空氣經過過濾后送入車間。屋頂布有通風器，風管一般可用鋁板或塑料板。產品有特別要求者，局部地區可使用正壓系統和采取降溫措施。車間除一般送風外，另有吊頂式冷風機降溫。該冷風機的風往車間頂部吹，以防天花板上聚集凝結水。也有采用過濾的空氣送入凈化車間，使房間呈正壓系統，不讓外界空氣進入該室。
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