制藥工程設計是對化學原料藥、生物藥、中藥、制劑藥和藥用包裝材料的生產廠或生產車間根據各類產品的特點進行合理的工程設計，盡管各類產品的工程設計細則不盡相同，但均遵循下列基本要求.
1、嚴格執行國家有關規范和規定以及國家藥品監督管理局頒布的《藥品生產質量管理規范》GMP）的各項規范和要求，使制藥生產在環境、廠房與設施、設備、工藝布局等方面符合GMP要求。
2、選擇最經濟的工藝路線，即要求最經濟地使用資金、原輔材料、動力資源、公用工程和人力。為此，必須進行工藝流程優化和參數優化工作。
3、設備選型宜選用先進、成熟、自動化程度較高的設備。
4、環境保護、消防、職業安全衛生、節能設計與制藥工程設計同步，嚴格執行國家及地方有關的法規、法令。
5、對工程實行統一規劃的原則，為合理使用工程用地并結合醫藥生產的特點，盡可能采用聯片生產廠房一次設計，一期或分期建設。
6、工程的配套和輔助設施的配備均以滿足項目工程生產需要為原則，并考慮與預留設施或發展規劃的銜接
7、為方便生產車間進行成本核算和生產管理，一般各車間的水、電、汽、冷量單獨計算，倉庫、公用工程設施、備料以及人員生活用室統一設置，按集中管理模式考慮。
總之，制藥工程設計是一項技術性很強的工作，其目的是要保證所建藥廠符合GMP規范及其他技術法規，技術上可行，經濟上合理安全有效，易于操作。
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