混合流潔凈室是在潔凈室內既有單向流，又有非單向流的潔凈室。單向流營造局部百級環境，非單向流營造局部百級的背景潔凈環境這種潔凈室也是一種具有節能意義的潔凈室，體現了潔凈度按需營造的節能思想。這種潔凈室也就是我們經常說的在1000級下的局部百級或在10000級下的局部百級潔凈室。
一、工程應用
在潔凈室中，某個生產工藝需百級潔凈度而周邊其他工藝區域只要求較低的潔凈度時，就可應用混合流氣流組織方案。如青霉素分裝工藝、大輸液灌裝工藝都需要百級潔凈環境，而周邊只需要1萬級的潔凈環境。醫院I級潔凈手術室，手術區需要100級潔凈環境，而周邊區只要求1000級潔凈環境，這些潔凈室都需要采用混合流氣流組織。
二、設計施工中的常見錯誤及改進措施
百級環境需單向流的氣流組織來營造，在一個低級別潔凈環境中營造局部百級，回風口的設置位置非常重要。工程設計中常見的錯誤是回風口的位置設置不合理，導致氣流過早彎曲，使工作面達不到100級。造成這種錯誤的原因，首先是沒有很好地理解平行的“活塞”流控制污染的原理，認為在工作面上方安裝層流罩就能實現局部百級；其次是由于生產工藝的原因，導致回風口的安裝位置受到限制。如果設計人員對生產工藝不熟悉，又沒有設計經驗，那么就很難想出改進措施，所以導致工作面達不到百級要求。