出入潔凈室應規定嚴格的制度，這是保證潔凈室正常運行的關鍵。潔凈室的出入制度應包括以下幾個方面的內容:
一、不準進入潔凈室的人員
1）皮膚病患者及外傷和炎癥、瘙癢癥者。
2）過敏性鼻炎患者。
3）感冒、咳嗽、打噴嚏者。
4）過多掉頭皮屑、頭發而無有效防護者。
5）有頭、挖鼻孔、摸臉、搓皮膚等習慣而無法控制者。
6）未穿潔凈工作服者。
7）過度化妝、戴耳環、戒指等首飾者。
8）劇烈運動后的出汗者。
二、不準帶入潔凈室的物品
1）未按規定經過潔凈處理的所有物品。
2）紙（包括硬紙和筆記用紙）和筆（包括鉛筆、鋼筆以及墨水、橡皮等），潔凈室宜用塑料薄膜紙和圓珠筆，因為一般用的紙和筆產塵極大。
3）一切個人物品包括鑰匙、手表、手帕、筆記本等。
三、出入潔凈室注意事項
1）進入潔凈室（區）必須遵循規定的凈化路線和程序，不得私自改變。
2）必須按規定的方法換鞋（如制藥廠潔凈車間采用坐凳式換鞋法在一更間入口設置橫跨室寬的換鞋凳，人坐在凳上脫去舊鞋腳不著地旋轉180°，穿上放于坐凳內側鞋柜中的潔凈室專用鞋）。不許穿拖鞋進入潔凈室（因為穿拖鞋走動時易揚起地面塵粒）
3）外衣和潔凈工作服分地分柜存放，入室人員不得未脫外衣而進入潔凈服更衣間。4）進入一更間前，要將拖鞋在凈鞋器上或濕的墊子上擦拭。
5）潔凈區入口，如有空氣吹淋室，進入人員一定要通過吹淋室，并按規定關好門后在吹淋室內舉起雙臂吹淋。若為單側空氣吹淋室，在吹淋時應將身體慢慢旋轉1～2圈。
6）進入潔凈區后，必須根據需要及時洗手，更換潔凈工作服時應先洗手。
7）洗過的手要用烘干器吹干，或用專用紙巾擦干。
8）要以站立姿勢穿潔凈工作服，不要讓工作服接觸地板。
9）若二更（或三更）設有洗手池，穿好潔凈工作服后應再洗手方可進入潔凈室操作。10）出潔凈室時，宜走旁通門，不需要通過空氣吹淋室。
11）在設有氣閘室的潔凈區內，若兩門未設連鎖機構，則人員進入后，須關上入口門后再走出氣閘室，兩門不允許同時打開。
12）人員離開潔凈區時也應按程序洗滌、更衣、換鞋，潔凈服不應帶出潔凈區。
13）不能穿潔凈工作服上廁所（潔凈廁所除外），如潔凈區內工作人員需上潔凈區外的廁所時，必須按出入潔凈室的程序處理。
14）生物安全實驗室的工作人員，操作完畢后，首先脫掉防護衣和實驗室專用衣并分別放入專用柜內（由專人負責滅菌處理），然后立即洗手、淋浴（或藥浴）、洗臉，再刮胡須、刷牙、穿衣。在洗手之前不得走出實驗室或吸煙、吃東西、上廁所。手表也不允許在洗手前戴上，即使使用橡膠手套，在操作完畢后也要洗手，因為手套有小孔、裂隙或由于指甲劃傷而可能侵入污染。
15）在醫院潔凈手術部，病人進入潔凈手術室時，應先在病區洗浴（或擦洗）、更衣，推車進入潔凈區前應在緩沖室換上手術室專用推車才允許進入潔凈手術室，手術室的專用推車不能離開手術室。