醫藥廠房項目建設單位（甲方）應根據批準的基建計劃和設計文件，努力創造良好的施工條件，并做好施工前的各項準備工作。例如，提出物資和設備申請計劃、落實建筑材料來源、辦理征地拆遷手續、落實水電及道路等外部施工條件和施工力量。具備施工條件后，一般應根據設計概算或施工圖預算制定標底，通過公開招標方式選擇施工單位。
施工單位應根據醫藥廠房設計單位提供的施工圖，編制好施工預算和施工組織計劃。醫藥廠房施工前要認真做好施工圖的會審工作。會審一般由醫藥廠房建設單位、醫藥廠房設計單位和施工單位三方共同參加，其目的是澄清圖紙中的不清之處或存在的問題，并明確工程質量要求施工單位應嚴格按照設計要求和施工驗收規范進行施工，對施工過程中可能發生質量事故的環節、時期應及早研究，并采取相應的預防措施，確保工程質量萬無一失。
醫藥廠房項目在完成施工后，應及時組織專門機構抓好裝置的調試與試車工作。根據實際情況，制藥裝置的調試有多種方法，但總的原則是:從單機到聯機到整條生產線；從空車到以水代料到實際物料當以實際物料試車，并生產出合格產品（藥品），且達到裝置的設計要求時，制藥工程項目即告竣工。此時，應及時組織竣工驗收。
大型醫藥廠房工程項目，由國家發改委組織驗收。中、小型工程項目，按隸屬關系由國家主管部門或省、市、自治區組織驗收。
竣工項目驗收前，建設單位要組織設計、施工等單位，按照工程承建合同、施工技術文件及工程驗收規范（如潔凈室施工及驗收規范、采暖與衛生工程施工及驗收規范等）先行驗收，向主管部門提出竣工驗收報告，并系統整理技術資料，繪制竣工圖，在竣工驗收合格后作為技術檔案，移交生產單位保存。建設單位還要編好工程竣工決算書，報上級主管部門審查。竣工驗收合格后的生產裝置，即可交付使用方，形成產品的生產能力。
可見，醫藥廠房施工圖設計完成后，醫藥廠房設計單位并沒有完全完成設計任務，設計人員（代表）還要參加現場施工、試車、驗收和投產工作。若有涉及設計方案的重大問題應及時向上級和有關設計人員匯報，請示處理意見。當制藥工程項目投入正常生產后，設計人員還要對工程設計進行全面總結，為以后的醫藥廠房設計提供經驗。