環境保護是我國的基本國策之一，我國境內一切基本建設項目和技術改造項目，以及區域開發項目的設計、建設和生產都應當執行《中華人民共和國環境保護法》。
制藥廠的環境保護設計與編制應符合《中華人民共和國環境保護法》，并依據國務院環境保護委員會、國家計劃委員會、國家經濟委員會（86）國環字第003號文《關于頒發“建設項目環境保護管理辦法”的通知》和國家計委國務院環委［87］國環字第002號文《建設項目環境保護設計規定》等法規進行。
在制藥廠設計過程中通常采用的標準有:
1、環境質量標準《大氣環境質量標準，《GB3095-1996》的二級標準，《城市區域環境噪聲標準，GB3096-93》的2類標準。
2、污染物排放標準《污水綜合排放標準，《GB 8978-1996》的一級標準，《大氣污染物綜合排放標準，GB16297-1996》的二級標準。
3、噪聲控制標準《工業企業廠界噪聲標準，GB12348-90》的Ⅱ類區域標準和衛生部、國家勞動總局頒發的《工業企業噪聲衛生標準p（試行草案）》
至此可見，環境保護設計不僅由環保專業執行，而且須由各專業提供條件并共同參與設計才能完成。其中工藝專業應相應地提供有關主要污染物和主要污染源（廢氣及其污染物廢水及其污染物固體廢棄物）、噪聲源及其強度作為環境保護設計依據。
1、制藥廠所在地區的環境現狀與工程概況；
2、主要保護措施及預期效果:a.廢氣治理及效果；b.廢水治理及效果；c.固體廢棄物處置；d.噪聲治理；
3、環境綠化；
4、環境管理與環境監測；
5、項目對周圍環境影響的估算。
項目建成后，要將完善本企業的環保管理制度作為環境保護工作的前提，結合本企業實際，制定“環境保護管理規定”，“廢水處理系統崗位責任制”，“執行GB8978-1996排放標準考核細則”，“車間和科室環境治理考核標準”等一系列規章制度，并把這些規章制度納入企業的管理標準，使環保工作做到有章可循。
要對所有廢水和廢氣排放點以及廢水處理設施排放口，定期進行監測，嚴格控制達標排放。定期測試各廢水和廢氣處理設施的處理效率，發現問題及時組織維修，所有處理設施都必須建立技術檔案。要求企業配備專職環保管理人員，負責環保工作。
凡排放有毒有害廢水、廢氣、廢渣（液）、惡臭、噪聲、放射性元素等物質或因素的建設項目，嚴禁在城市規劃確定的生活居住區、文教區、水源保護區、名勝古跡、風景游覽區、溫泉、療養區和自然保護區等界區內選址。鐵路、公路等的選線，應盡量減輕對沿途自然生態的破壞和污染。排放有毒有害氣體的建設項目應布置在生活居住區污染系數最小方位的上風側；排放有毒有害廢水的建設項目應布置在當地生活飲用水水源的下游；廢渣堆置場地應與生活居住區及自然水體保持規定的距離。環境保護設施用地應與主體工程用地同時選定。產生有毒有害氣體、粉塵、煙霧、惡臭、噪聲等物質或因素的建設項目與生活居住區之間，應保持必要的衛生防護距離，并采取綠化措施。建設項目的總圖布置，在滿足主體工程需要的前提下，宜將污染危害最大的設施布置在遠離非污染設施的地段，然后合理地確定其余設施的相應位置，盡可能避免互相影響和污染。新建項目的行政管理和生活設施，應布置在靠近生活居住區的一側，并作為建設項目的非擴建端。建設項目的主要煙囪（排氣筒），火炬設施，有毒有害原料、成品的貯存設施，裝卸站等，宜布置在廠區常年主導風的下風側。制藥廠應有綠化設計，其綠化覆蓋率可根據建設項目的種類不同而異。城市內的建設項目應按當地有關綠化規劃的要求執行。
制藥廠環境保護工程設計應因地制宜地采用行之有效的治理和綜合利用技術，同時輔之各種有效措施以避免或抑制污染物的無組織排放。如:
1、設置專用容器或其他設施，用以回收采樣、溢流、事故、檢修時排出的物料或廢棄物；
2、設備、管道等必須采取有效的密封措施防止物料跑、冒、滴、漏
3、粉狀或散裝物料的貯存、裝卸、篩分、運輸等過程應設置抑制粉塵飛揚的設施。