對于藥廠設計來說，根據各潔凈系統的運行經驗可知，潔凈室的能耗遠高于一般辦公樓的能源耗量，而且隨著科學技術的進步，新產品的研制及各種藥品對潔凈系統潔凈度的要求日益提高。空氣潔凈技術面對這種挑戰，如果不采取新的對策一革新的藥廠設計方法、研制新式節能設備、提高運行管理水平，則將無法滿足生產上的要求，或者在能源消耗上要付出更高的代價。所以各國對現代潔凈室的建筑，無不從藥廠設計、運行管理、研究開發方面考慮各種手段、措施來減少能耗，而且凈化產品的制造廠商也千方百計地開拓新的產品，以滿足技術發展的需求。
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1.廠址選擇、建筑布局與工藝設置的合理性，可以從根本上降低初投資及運行費用。
2.減少凈化空間是大家共同關注的實現節能的快捷有效途徑的方向。凈化系統的風量取決于房間體積和換氣次數，而換氣次數大多由潔凈級別所確定，因此要降低潔凈系統的風量可從減小凈化空間入手。因為低風量化即合理地選定換氣次數可以減少送風動力消耗。同時在管路設計中盡可能減少系統的阻力，也可達到降低送風動力消耗的效果。
3.正確確定生產設備的熱負荷對選定空調制冷設備有直接關系。
4.空調和凈化功能的分離有利于發揮各自的技術經濟合理性。
5.工藝過程和空調系統的熱回收是可以直接獲益的措施，因此應充分利用這部分熱量，使之達到物盡其用的目的。
6.藥廠設計方案應具有較好的適應性（靈活性），它是實驗性車間必須考慮的問題（如單向流/單向流的轉換、分區轉換等）。
7.新風集中處理有利于應用地下水預冷、除塵和加濕。
8.室內換氣次數和末級過濾器效率之間的組合（達到相同級別）需進行經濟比較。