根據我國“潔凈廠房設計規范”中規定“潔凈區內不宜設廁所，人員凈化用室內的廁所應設前室”；在人員凈化程序圖中，將廁所設在門廳內換鞋區之前，其目的是避免廁所對潔凈區帶來污染。
潔凈車間廁所設計圖
但是，如果這樣設計便會給潔凈車間內作業人員上廁所帶來很大的麻煩，要上廁所由潔凈車間出來要經過更衣，換鞋，方便以后回潔凈車間還要經過換鞋，更衣，吹淋等人身處理程序，非常的麻煩，但是，為了保證潔凈區的衛生和潔凈還必須這樣執行，所以這在潔凈車間的工作人員平時只能少喝水。
不過市面上有一種“潔凈廁所”，這種廁所帶有排風負壓的 100 級層流衛生間，內設便器、洗手盆、烘手器全是自動化的，便后不能用衛生紙（也沒有衛生紙），而是用熱水沖洗， 熱風烘干。這樣的廁所就直接放在潔凈車間旁邊，作業人員上廁所無須經過更衣、換鞋等程序，給作業人員帶來極大方便。但是，價格昂貴，運行費用也很高 ，管理也有一定的問題。國內很少見，只有在必要的場合中設置。