凈化空調系統的空調箱內壁材料應不易產生灰塵并耐腐蝕，生物凈化空調系統所用的空調箱內壁要可以消毒。
凈化空調系統空調箱功能段數要多于普通空調系統，而且維護保養的要求也比較高，例如初、中效過濾器要經常更換，空調箱內壁要清潔、消毒，所以空調箱的長度也比普通空調系統的空調箱長。為了節省空調機房的面積，在滿足使用功能的前提下，應盡可能使結構緊湊。
凈化空調系統中化學過濾器應根據生產過程中所產生廢氣的性質和廢氣的量來確定化學過濾的種類，防止潔凈空氣循環次數多而使廢氣的濃度越來越高。潔凈空調箱在新風入口段是否要設置化學過濾器，要根據工程所在地的大氣環境來決定。如電子廠房設置在海邊，海水蒸發會使空氣中的氯、鈉離子數量增加。若不作處理，離子進入潔凈室會對產品造成影響，就應該在新風入口處設置化學過濾器。
凈化空調系統選用空調箱風機時要考慮到凈化空調系統的風阻力比一般空調系統要大，因為有初、中、高效三級過濾而且阻力變化也很大。初、中、高效三級過濾器從初阻力一直到終阻力的阻力疊加數值占整個凈化空調系統總阻力的比例很大，因此空調箱應該選用變頻風機，這里選用變頻風機不是為了改變潔凈系統的送風量，而是為了適應初、中、高效過濾器的阻力變化。全新風凈化空調系統中，若因工藝發生變化造成排風量的變化，為了保持室內的正壓值不變，可以通過送風機的變頻來相應改變送風量。
空調箱表冷器進出水水溫的確定取決于凈化空調系統的送風狀態的溫濕度參數。由于生產工藝對室內溫濕度的要求不同，再加上凈化空調系統的送風量往往不是由負荷大小來決定而是根據潔凈度級別來決定的，送風量大送風溫差就小，潔凈室內的溫度基數低送風溫度就低。根據一般經驗，表冷器的進水溫度要比送風狀態溫度低3～6℃，表冷器的出水溫度要比送風狀態溫度低0.5～1℃，這完全取決于潔凈室內的設計溫度基數和冷媒水進表冷器的溫度（一般就是6～7℃）以及表冷器性能的各個參數，如接觸系數、表冷器的排數、析濕系數、傳熱系數、水流速、換熱效率系數等。