在藥廠設計中，藥廠凈化車間中的空氣潔凈度等級應根據生產工藝的特點和要求來確定，要選擇合適的氣流組織。不同潔凈度等級、不同氣流組織形式的潔凈空調系統應分開設置。主要有下列幾種情況:
1. 運行班次不同或使用時間不同的工藝房間不宜設為一個潔凈空調系統，否則不工作的凈化車間因和在工作的凈化車間是同一個潔凈空調系統而不能關閉，造成浪費，提高運行成本。若空調系統分開設置，可將不工作的凈化車間只運行值班風機，這樣可降低運行成本。
2.生產過程中散發的物質對其他工序、設備會產生交叉污染，對產品質量或操作人員的健康、安全有影響的凈化車間空調系統應分開設置，這種會造成交叉污染的凈化車間在電子工廠、制藥廠和各種實驗室都有。
3.溫濕度基數和精度要求差別大的凈化車間空調系統應分開設置。若不分開設置一般情況下都是按基數要求高的、精度要求嚴格的工藝來確定，這會造成工藝對溫濕度要求不高的也跟著高了，抬高了初投資和運行費用。
4.藥廠凈化車間內工藝發熱量相差懸殊的系統應分開設置，因潔凈空調系統的送風量是根據潔凈度的級別或冷熱負荷來確定的，若發熱量差異大，那么發熱量小的凈化車間需要二次加熱才能滿足室內的溫度要求，造成浪費，提高了運行成本。
5.藥廠潔凈空調系統與一般空調系統應分開設置，因一般空調系統無潔凈度要求，空氣不需要經過三級（初、中、高）過濾，若合為一個系統，初投資和運行成本都會提高。
6.對于藥廠設計來說，系統風量過大的潔凈空調系統應分開設置。
7.對于藥廠設計來說，新風量特別大（因工藝排風量大）、室內濕度要求高時，應獨立設置新風系統，如凈化車間濕度要求高而室內發濕量又不大應在新風處理時就采取除濕措施。